Sở Giao thông Vận tải là cơ quan chuyên môn thuộc Ủy ban Nhân dân tỉnh tham mưu giúp Ủy ban Nhân dân tỉnh thực hiện chức năng quản lý nhà nước về giao thông vận tải, bao gồm: đường bộ, đường thủy nội địa, vận tải và an toàn giao thông trên địa bàn.

Các tổ chức, chuyên môn nghiệp vụ thuộc Sở gồm:

- Văn phòng;

- Thanh tra Sở;

- Phòng Kế hoạch - Tài chính;

- Phòng Quản lý giao thông;

- Phòng Quản lý Vận tải và phương tiện;

- Phòng Quản lý Đào tạo, sát hạch và người lái.

Các đơn vị sự nghiệp thuộc Sở gồm:

- Ban Đầu tư và xây dựng giao thông tỉnh Thừa Thiên Huế;

- Trường Trung học Giao thông vận tải Huế;

- Đoạn Quản lý đường sông tỉnh Thừa Thiên Huế;

- Trung tâm đăng kiểm xe cơ giới tỉnh Thừa Thiên Huế.

Ngoài các đơn vị nêu trên, căn cứ vào đặc điểm, tình hình phát triển và khối lượng công việc thực tế ở địa phương, Giám đốc Sở Giao thông Vận tải phối hợp với Giám đốc Sở Nội vụ đề nghị UBND tỉnh quyết định thành lập thêm một số đơn vị sự nghiệp trực thuộc Sở theo quy định của pháp luật.