Nghị định quy định cơ quan được giao thực hiện chức năng thanh tra chuyên ngành, nhiệm vụ, quyền hạn của cơ quan, thủ trưởng cơ quan được giao thực hiện chức năng thanh tra chuyên ngành; hoạt động thanh tra chuyên ngành của Thanh tra bộ, Thanh tra sở, cơ quan được giao thực hiện chức năng thanh tra chuyên ngành và trách nhiệm của thủ trưởng cơ quan quản lý nhà nước, cơ quan thanh tra nhà nước, cơ quan được giao thực hiện chức năng thanh tra chuyên ngành trong hoạt động thanh tra chuyên ngành.
Nghị định được áp dụng đối với thủ trưởng cơ quan quản lý nhà nước, thủ trưởng cơ quan được giao thực hiện chức năng thanh tra chuyên ngành; Chánh Thanh tra bộ, Chánh Thanh tra sở; Trưởng đoàn thanh tra chuyên ngành, thành viên Đoàn thanh tra chuyên ngành, Thanh tra viên, người được giao thực hiện nhiệm vụ thanh tra chuyên ngành; đối tượng thanh tra và cơ quan, tổ chức, cá nhân khác có liên quan; cơ quan, tổ chức, cá nhân nước ngoài hoạt động trên lãnh thổ Việt Nam.
Bộ trưởng, thủ trưởng cơ quan ngang bộ, Chánh Thanh tra bộ, Giám đốc sở, Chánh Thanh tra sở, Thủ trưởng cơ quan được giao thực hiện chức năng thanh tra chuyên ngành trong phạm vi nhiệm vụ, quyền hạn của mình có trách nhiệm tổ chức, chỉ đạo, thực hiện, kiểm tra, giám sát hoạt động thanh tra chuyên ngành; xử lý kịp thời kết luận, kiến nghị quyết định thanh tra chuyên ngành và chịu trách nhiệm trước pháp luật về hành vi, quyết định của mình.
Các cơ quan được giao thực hiện chức năng thanh tra chuyên ngành như sau:
I. Tổng cục và tương đương, Cục thuộc Bộ được giao thực hiện chức năng thanh tra chuyên ngành
1. Bộ Công Thương: Cục Quản lý thị trường, Cục Hóa chất, Cục Kỹ thuật an toàn và Môi trường công nghiệp.
2. Bộ Giao thông vận tải: Tổng cục Đường bộ Việt Nam, Cục Đường sắt Việt Nam, Cục Đường thủy nội địa Việt Nam, Cục Hàng hải Việt Nam, Cục Hàng không Việt Nam.
3. Bộ Kế hoạch và Đầu tư: Tổng cục Thống kê.
4. Bộ Khoa học và Công nghệ: Tổng cục Tiêu chuẩn Đo lường Chất lượng, Cục An toàn bức xạ và Hạt nhân.
5. Bộ Lao động - Thương binh và Xã hội: Tổng cục Dạy nghề, Cục Quản lý Lao động ngoài nước.
6. Bộ Nông nghiệp và Phát triển nông thôn: Tổng cục Thủy lợi; Tổng cục Lâm nghiệp; Tổng cục Thủy sản; Cục Thú y; Cục Bảo vệ thực vật; Cục Trồng trọt; Cục Chăn nuôi; Cục Quản lý chất lượng nông lâm sản và thủy sản; Cục Kinh tế hợp tác và Phát triển nông thôn; Cục Chế biến, Thương mại nông lâm thủy sản và nghề muối.
7. Bộ Ngoại giao: Ủy ban Nhà nước về người Việt Nam ở nước ngoài.
8. Bộ Nội vụ: Ban Thi đua - Khen thưởng Trung ương, Ban Tôn giáo Chính phủ.
9. Bộ Tài nguyên và Môi trường: Tổng cục Địa chất và Khoáng sản, Tổng cục Môi trường, Tổng cục Quản lý đất đai.
10. Bộ Tài chính: Tổng cục Thuế; Tổng cục Hải quan; Kho bạc Nhà nước; Ủy ban Chứng khoán Nhà nước; Tổng cục Dự trữ Nhà nước; Cục Quản lý, giám sát bảo hiểm.
11. Bộ Thông tin và Truyền thông: Cục Tần số vô tuyến điện; Cục Viễn thông; Cục Quản lý phát thanh, truyền hình và thông tin điện tử; Cục Báo chí; Cục Xuất bản.
12. Bộ Y tế: Tổng cục Dân số - Kế hoạch hóa gia đình; Cục Quản lý dược; Cục Quản lý khám, chữa bệnh; Cục Quản lý môi trường y tế; Cục Y tế dự phòng; Cục An toàn vệ sinh thực phẩm.
II. Cục thuộc Tổng cục và tương đương được giao thực hiện chức năng thanh tra chuyên ngành
1. Cục Dự trữ Nhà nước khu vực.
2. Cục Hải quan.
3. Kho bạc Nhà nước tỉnh, thành phố trực thuộc Trung ương.
4. Cục Thuế.
5. Cục Thống kê.
III. Chi cục thuộc Sở, Chi cục thuộc Cục và tương đương được giao thực hiện chức năng thanh tra chuyên ngành
1. Cảng vụ Hàng không, Cảng vụ Hàng hải, Cảng vụ Đường thủy nội địa thuộc Cục Đường thủy nội địa Việt Nam.
2. Chi cục Thuế.
3. Trung tâm Tần số khu vực.
4. Chi cục Quản lý thị trường thuộc Sở Công Thương.
5. Chi cục An toàn vệ sinh thực phẩm, Chi cục Dân số - Kế hoạch hóa gia đình thuộc Sở Y tế.
6. Chi cục về bảo vệ thực vật, thú y, thủy sản, quản lý chất lượng nông lâm sản và thủy sản, thủy lợi, đê điều, lâm nghiệp, phát triển nông thôn thuộc Sở Nông nghiệp và Phát triển nông thôn.
Nghị định có hiệu lực thi hành kể từ ngày 05 tháng 4 năm 2012. Những quy định trước đây trái với Nghị định này đều bãi bỏ.