Sở Tài nguyên và Môi trường là cơ quan chuyên môn thuộc Uỷ ban nhân dân tỉnh, thành phố trực thuộc trung ương có chức năng tham mưu, giúp Uỷ ban nhân dân cấp tỉnh thực hiện chức năng quản lý nhà nước về tài nguyên và môi trường, bao gồm: đất đai, tài nguyên nước, tài nguyên khoáng sản, địa chất, môi trường, khí tượng thuỷ văn, đo đạc và bản đồ, quản lý tổng hợp về biển và hải đảo (đối với các tỉnh có biển, đảo); thực hiện các dịch vụ công trong các lĩnh vực thuộc phạm vi quản lý của Sở.

Về cơ cấu tổ chức Sở Tài nguyên và Môi trường có Giám đốc và không quá 3 Phó Giám đốc. Các tổ chức tham mưu, chuyên môn, nghiệp vụ được thành lập thống nhất ở các Sở Tài nguyên và Môi trường, gồm: Văn phòng, Thanh tra, Chi cục Bảo vệ môi trường; các tổ chức được thành lập phù hợp với đặc điểm của từng địa phương, bao gồm: Chi cục Quản lý đất đai (trường hợp không thành lập Chi cục Quản lý đất đai thì được thành lập phòng nghiệp vụ quản lý về đất đai), Phòng biển hoặc Phòng Biển và Hải đảo, Phòng Tài nguyên khoáng sản, các lĩnh vực tài nguyên nước, khí tượng thuỷ văn, đo đạc và bản đồ có thể thành lập phòng riêng hoặc chung với các lĩnh vực khác, bảo đảm giúp Uỷ ban nhân dân cấp tỉnh thực hiện chức năng quản lý nhà nước về các lĩnh vực thuộc phạm vi chức năng, nhiệm vụ của Sở. Căn cứ vào tính chất, đặc điểm, yêu cầu quản lý cụ thể đối với ngành tài nguyên và môi trường tại địa phương Chủ tịch Uỷ ban nhân dân tỉnh quyết định cụ thể tên gọi và số lượng các phòng nghiệp vụ thuộc Sở, nhưng không quá 05 đối với các tỉnh. Các đơn vị trực thuộc gồm: Trung tâm Công nghệ thông tin, Văn phòng Đăng ký quyền sử dụng đất cấp tỉnh. Việc thành lập các đơn vị sự nghiệp trực thuộc do Uỷ ban nhân dân cấp tỉnh quyết định theo quy định của pháp luật và tình hình thực tế tại địa phương.

Thông tư cũng quy định Phòng Tài nguyên và Môi trường thuộc Uỷ ban nhân dân huyện là cơ quan chuyên môn có chức năng tham mưu, giúp Uỷ ban nhân dân cấp huyện thực hiện quản lý nhà nước về: đất đai, tài nguyên nước, tài nguyên khoáng sản, môi trường, biển và hải đảo (đối với các huyện có biển) ở địa phương.